Nauka poczatkowa

Najprawdopodobniej Mikołaj Kopernik ukończył pierwsze nauki w szkole parafialnej przy kościele śś. Janów w Toruniu. Zdaniem niektórych historyków, takich jak Ludwik Birkenmajer, pod koniec XV wieku pobierał nauki we Włocławku. Nauczycielem przyszłego astronoma, wówczas jeszcze młodzieńca, mógł być kanonik włocławski Mikołaj Wodka z Kwidzyna, doktor medycyny zajmujący się również astronomią i astrologią, jeden z domniemanych konstruktorów zegara słonecznego znajdującego się na katedrze włocławskiej. Teoria ta jest jednak mało prawdopodobna, bowiem matka astronoma po śmierci męża w 1483 nie wyprowadziła się z Torunia. Istnieje jeszcze hipoteza, że Mikołaj wraz z Andrzejem uczęszczali do szkoły Braci Wspólnego Życia w Chełmnie, jednak jest ona kwestionowana z uwagi na niską rangę szkoły i biedę panującą w mieście. Szkoła ta uważana była za najlepszą w Prusach Królewskich.

Studia

Dzięki protekcji Łukasza Watzenrodego w roku 1491 Andrzej i Mikołaj Kopernikowie rozpoczęli studia na Akademii Krakowskiej (Mikołaj podpisał się „Nicolaus Nicolai de Thuronia”, co z łaciny oznacza: „Mikołaj, syn Mikołaja, z Torunia”). Czasy jego krakowskich studiów przypadły na okres świetności tzw. krakowskiej szkoły astronomiczno-matematycznej – wykładali tam m.in.: Marcin Król z Przemyśla, Marcin Bylica z Olkusza, Maciej z Miechowa, Jan z Głogowa czy Wawrzyniec Korwin. Jednym z nauczycieli astronomii Kopernika był wówczas Wojciech z Brudzewa, który nie prowadził zajęć na uczelni, ale wykładał prywatnie poza Akademią. Mikołaj studiował na jednym roku z Pawłem z Krosna, Piotrem Tomickim i Bernardem Wapowskim z Radochoniec, z którym przyjaźnił się do końca życia. Studia ukończył w 1495, bez uzyskania żadnego tytułu, gdyż utrudniłoby to kontynuowanie nauki we Włoszech, dokąd wyjechał z bratem dzięki wsparciu finansowemu Łukasza Watzenrodego.

Święcenia

Prawdopodobnie w okresie studiów w Krakowie otrzymał niższe święcenia, bowiem 26 sierpnia 1495 został kanonikiem warmińskim. Wbrew powszechnej opinii nie posiadał on jednak święceń kapłańskich, a założenie takie było wynikiem pomyłki XX-wiecznego kopernikologa, Lino Sighnolfiego. Odnalazł on dokument, datowany na 20 października 1497, na którym widniał napis „Nicolaus Copernig, canonicus Vuermiensis (...), presbiter constitutus”, co się tłumaczy: „Mikołaj Kopernik, kanonik warmiński (...) stawiwszy się jako ksiądz”. Powtórne badanie tego dokumentu wykazały jednak, że Sighnolfi błędnie odczytał napis, który brzmiał „Nicolaus Copernig, canonicus Vuermiensis (...), personaliter constitutus”, czyli „Mikołaj Kopernik, kanonik warmiński (...) stawił się osobiście”. Innym powodem, dla którego należy wątpić w wyższe święcenia, był fakt, że kapłanom nie wolno było wówczas trudnić się medycyną. Zdaniem większości kopernikologów astronom nie objął od razu kanonikatu (albo objął, ale wobec oporu kapituły warmińskiej – zrezygnował) i faktycznie odzyskał tytuł dopiero 20 października 1497.

Studia we Włoszech

Dzięki staraniom wuja Łukasza w 1496 rozpoczął studia prawnicze na Uniwersytecie w Bolonii, wpisując się w styczniu 1497 do albumu nacji niemieckiej bolońskiego Uniwersytetu Jurystów. Uniwersyteckie nacje były luźnymi korporacjami, grupującymi studentów według bardzo ogólnych kryteriów geograficznych, a nie narodowych. Do nacji niemieckiej zaliczano wówczas m.in. Polaków, Czechów i Węgrów. Przyjaciółmi Mikołaja z tamtego okresu byli m.in.: przyszły poeta Ermico Caiado i kanonik Erhard Truchsess. Wykładowcami przyszłego astronoma z zakresu prawa byli m.in. filozof Alessandro Achillini, latynista Antonio Urceo czy kanonista Antonio Burgos, choć tematy prawnicze niezbyt interesowały Kopernika. Nauczycielami, którzy wywarli na niego największy wpływ, byli: astronom Dominik Maria Novara, geograf Marek z Benewentu i malarz Francesco Francia. Według Birkenmajera lektura dzieła Novary De motu octavae spherae wywarła wpływ na myśl kopernikańską.

20 października 1497 Kopernik pełnoprawnie objął kanonię warmińską, co zapewniło mu utrzymanie do końca życia (władzę sprawował poprzez Andrzeja Cletza i Krzysztofa Tapiaua). W 1500 odbył wraz z bratem Andrzejem Kopernikiem podróż do Rzymu, gdzie wygłosił kilka prywatnych wykładów. Tam, w nocy z 5 na 6 listopada 1500, obserwował zaćmienie Księżyca. W 1501 na krótko powrócił na Warmię, po czym 28 sierpnia 1501 uzyskał zgodę kapituły warmińskiej na rozpoczęcie kolejnych studiów medycznych na Uniwersytecie w Padwie, kontynuując studia prawnicze. Wraz z bratem Andrzejem wkrótce udał się do Italii.

Wśród historyków istnieje spór, gdzie i kiedy Kopernik zaczął studia medyczne i czy skończył studia prawnicze jeszcze w Bolonii czy już w Padwie. Dominuje pogląd, że Kopernik uzyskał w Bolonii magisterium sztuki, ale studiował tam także przez rok medycynę. Po przyjeździe do Padwy wznowił studia medyczne, gdzie wykładowcami byli m.in.: Andrea Alpago, Gabriele Zerbi, Giovanni d’Aquila z Lanciano i Pietro Trapolin. Wbrew treści epitafium na grobie Kopernika we Fromborku astronom nigdy nie uzyskał stopnia doktora medycyny. Najprawdopodobniej uzyskał on stopień licencjata, który pozwalał mu na prowadzenie praktyki lekarskiej, co przemawia za twierdzeniem, że studiował medycynę przez rok w Bolonii i kontynuował studia w Padwie przez dwa lata. W Padwie Kopernik studiował także filologię grecką, której uczył się od Niccolò Leonico Tomeo i pod jego wpływem zaczął tłumaczyć z greckiego na łacinę wiersze Teofilakta Symokatty. Latem 1503 roku dobiegał koniec jego studiów i podjął się on obrony doktoratu z prawa kanonicznego na Uniwersytecie w Ferrarze – pomyślny egzamin doktorski odbył się 31 maja 1503. Przed 10 stycznia 1503 Kopernik objął scholasterię wrocławską św. Krzyża.